Представлен теоретико-методологический инструментарий создания информационно-картографической системы (ИКС) природной среды для электронного атласа развития Байкальского региона. Предложены способы геоинформационного анализа, модификации, комплексирования и интеграции междисциплинарной географической информации, а также структура и содержание блока электронных карт, разработанных на основе представлений о геосистемах и их свойствах. Исследование выполнено на базе литературных и картографических источников, а также Интернет-ресурсов.